ビル　改修に関するQ&A|「はじめまして。

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建物の区分所有等に関する法律１９条（各共有者は、規約に別段の定めがない限りその持分に応じて、共用部分の負担に任じ、共用部分から生ずる利益を収取する。
）等により、管理規約に別の定めがなければ、共有部分の持分の割合で負担すべきだと思います。
もう一方の所有者はポンプをその階で使用していなくても、ポンプの共有者の１人であるので、その利益を受けていることになります。
現実に使っていなくても、所有者なのですから修繕費を負担するのは当然です。
注意点としましては、あくまで故障前と同程度の状態にする保存行為であればそのように考えられるということですから、以前よりも性能のよいものに取り替えた（トイレで言えば普通の便器をウオシュレットにするといった行為）ということになれば、また別です。